Feasey等人對1948年至2013年間收集的675個腸炎沙門氏菌菌株進(jìn)行測序，其中496個樣本來自非洲，主要是撒哈拉以南非洲地區(qū)，還有部分來自北非地區(qū)。

研究人員將這些腸炎沙門氏菌序列以及一個雞沙門氏菌（Salmonella enterica serovar Gallinarum）基因組與腸炎沙門氏菌參考株系的基因組進(jìn)行比對。通過系統(tǒng)進(jìn)化分析，研究人員發(fā)現(xiàn)了三個腸炎沙門氏菌分支：一個是包含參考菌株在內(nèi)的分支，一個是主要位于西非的分支，還有一個主要是中非或東非的分支。其余58個菌株具有進(jìn)化、地理及時間上的差異。

研究人員指出，分支中包含了250個菌株。在進(jìn)行耐藥性檢測的144個菌株中，104個菌株對所有測試的抗生素都易感，5個菌株具有多重耐藥性，1個菌株對萘啶酸耐藥。西非分支中，除了一個菌株來自美國，其余均來自西非地區(qū)。該分支中的菌株都是高度耐藥的，94%的菌株至少對一類抗生素具有耐藥性。中非/東非分支中菌株主要來自中非、東非地區(qū)，僅2個菌株來自南非，該分支中約82%的菌株具有多重耐藥性。

通過這些腸炎沙門氏菌基因組的測序，F(xiàn)easey等人發(fā)現(xiàn)了包含約4000個基因的核心基因組和包含1.4萬個預(yù)測基因的附屬基因組。

預(yù)測基因中有57個基因是分支中*的，都與前噬菌體phiSE20相關(guān)，phiSE20是菌株入侵雞蛋和小鼠所必需的。西非分支中包含15個*的預(yù)測基因，其中11個與質(zhì)粒相關(guān)。中非/東非分支中含有77個*的預(yù)測基因，其中33個與毒性質(zhì)粒相關(guān)，40個與新的前噬菌體區(qū)域相關(guān)。這兩個非洲分支共有的預(yù)測基因有102個，其中1個基因與新的前噬菌體區(qū)域相關(guān)。

同時，研究人員還重構(gòu)了腸炎沙門氏菌的毒性質(zhì)粒，發(fā)現(xiàn)它的系統(tǒng)發(fā)生出現(xiàn)在主要染色體之后，這表明，每個譜系都能穩(wěn)定地保持質(zhì)粒，而且質(zhì)粒與染色體一起變得多樣化。

研究人員指出，非洲分支具有差異化的宿主適應(yīng)性標(biāo)簽。例如菌株D7795含有42個推定的受損基因，而其中大部分受損基因都與腸道內(nèi)定植和從糞便中脫落相關(guān)，此外還有一些基因與代謝過程例如鈷胺素的生物合成相關(guān)。這說明這個分支經(jīng)歷了還原進(jìn)化。

文章作者、桑格研究所的NickThomson說，“這項研究說明了一個非常重要的問題，即一種相對溫和的細(xì)菌在合適的條件下可以演變成一種更加危險的病原體。”