從系統(tǒng)發(fā)生來看內(nèi)膜系統(tǒng)起源于質(zhì)膜的內(nèi)陷和內(nèi)共生（線粒體、葉綠體），從個體發(fā)生來看新細(xì)胞的內(nèi)膜系統(tǒng)來源于原有內(nèi)膜系統(tǒng)的分裂。當(dāng)細(xì)胞進(jìn)行分裂時，不僅要進(jìn)行染色體和細(xì)胞核的復(fù)制，同時各種細(xì)胞器通過吸收新合成的成分長大，然后隨著細(xì)胞的分裂分配到子細(xì)胞中去。細(xì)胞不能從無到有產(chǎn)生所有膜性細(xì)胞器，新的膜性細(xì)胞器來源于已存在細(xì)胞器的分裂。如果*移除細(xì)胞內(nèi)所有的過氧化物酶體，細(xì)胞根本不能重建新的過氧化物酶體，因為過氧化物酶體中具有選擇性地接受細(xì)胞質(zhì)內(nèi)合成的蛋白質(zhì)的轉(zhuǎn)位因子（translocator）。細(xì)胞內(nèi)合成的蛋白質(zhì)、脂類等物質(zhì)之所以能夠定向的轉(zhuǎn)運到特定的細(xì)胞器取決于兩個方面：其一是蛋白質(zhì)中包含特殊的信號序列（signal sequence or targeting sequence ），其二是細(xì)胞器上具特定的信號識別裝置（分選受體，sorting receptor），因此內(nèi)膜系統(tǒng)的發(fā)生具有核外遺傳的特性。